در سال 2004، آنا برای نخستین بار شاهد پیشی گرفتن میزان سود خود از شرکت ژاپن ایرلاینز بود. در همان سال آنا شرکت تابعه کم هزینه ایر نکست را برای ارائه خدمات پروازی از فرودگاه فوکوئوکا تاسیس کرد و به سهامدار عمده در ناکانیهون ایرلاین (نال) که دفتر مرکزی آن در فرودگاه ناگویا قرار داشت، مبدل شد.
(118سفر)- آل نیپون ایرویز که به نام آنا نیز شناخته می شود، بزرگترین ایرلاین ژاپن و یکی از ایرلاین های مطرح جهان است. دفتر مرکزی این شرکت در مینوتا، توکیو قرار دارد. آنا به ارائه خدمات در 49 مقصد داخلی و 32 مسیر بین المللی می پردازد. هاب های بین المللی اصلی آن فرودگاه بین المللی ناریتا خارج از توکیو و فرودگاه بین المللی کانسای خارج از اوزاکا هستند. هاب های داخلی اصلی این ایرلاین نیز فرودگاه بین المللی توکیو، فرودگاه بین المللی اوزاکا، فرودگاه بین المللی چوبو سنترایر و فرودگاه نیو چیتسو هستند.
افزون بر کنترل شرکت اصلی، آنا چندین ایرلاین تابعه شامل ایرلاین منطقه ای آنا وینگز و ایرلاین چارتر ایر ژاپن را نیز مدیریت می کند. همچنین، ایرلاین های کوچکتر مانند ایر دو، که با هزینه پایین به ارائه خدمات پروازی منظم بین توکیو و شهرهایی در هوکایدو می پردازد، ایر آسیا ژاپن، ایر لاینی که با سرمایه گذاری مشترک ایرآسیا مالزی و آنا شکل گرفته، و آلکس کارگو (آنا کارگو)، بخش باری که توسط ایر ژاپن اداره می شود، از دیگر شرکت های تابعه آنا محسوب می شوند.
تاریخچه شکل گیری آنا به تاسیس شرکت هلیکوپتر و هواپیما نیپون، ایرلاینی که در بیست و هفتم دسامبر 1952 تاسیس شد، باز می گردد. نیپون هلیکوپتر منبع شکل گیری کد ایرلاین آنا در یاتا یعنی ان اچ (NH ) بود. ان اچ ارائه خدمات هلیکوپتری را در فوریه 1953 آغاز کرد. در پانزدهم دسامبر همان سال، نخستین پرواز باری بین اوزاکا و توکیو با استفاده از یک فروند د هاویلند داو، JA5008 انجام شد. این نخستین پرواز منظم انجام شده توسط یک خلبان ژاپنی پس از دوران جنگ در ژاپن بود.
ارائه خدمات پروازی مسافری در همان مسیر از فوریه 1954 آغاز شد. در سال 1955، هواپیمای داگلاس DC-3 وارد ناوگان هوایی ان اچ شد. در آن زمان، شبکه پروازی این شرکت از شمال کیوشو به ساپورو گسترش یافته بود.
دیگر شرکتی که در شکل گیری آنا نقش داشت، فار ایست ایرلاینز بود. این ایرلاین در بیست و ششم دسامبر 1952، یک روز پیش از ان اچ تاسیس شد، اما فعالیت های خود را تا بیستم ژانویه 1954 آغاز نکرد. در آن تاریخ، پرواز باری شبانه بین اوزاکا و توکیو آغاز شد. در اوایل سال 1957، هوایپمای داگلاس DC-3 به ناوگان فار ایست ایرلاینز افزوده شده و شبکه پروازی این شرکت در جنوب ژاپن از توکیو تا کاگوشیما گسترده شده بود.
فار ایست ایرلاینز در مارس 1958 با نیپون هلیکوپتر ادغام شد. شرکت جدید دارای سرمایه بازار 600 میلیون ین بوده و بزرگترین ایرلاین خصوصی ژاپن شناخته می شد. نام شرکت جدید نیز به آل نیپون ایرویز تغییر کرد. در دهه 1960، آنا به رشد خود ادامه داده و در سال های 1960 و 1961 به ترتیب هواپیماهای ویکرز وایکانت و فوکر F27 به ناوگان هوایی این شرکت افزوده شدند. در سال 1963، آنا با فوجیتا ایرلاینز ادغام شده و سرمایه شرکت به 4.65 میلیارد ین افزایش یافت. در سال 1965 و با خرید هوایپمای بوئینگ 727 و استفاده از آن در مسیر توکیو - ساپورو، آنا جت های مسافری را وارد ناوگان خود کرد. در سال 1969 نیز هواپیمای بوئینگ 737 به خدمت گرفته شد.
در شرایطی که آنا رشد فعالیت های خود در بازار داخلی را تجربه می کرد، اما ایرلاین دولتی ژاپن ایرلاینز انحصار پروازهای بین المللی را به خود اختصاص داده بود. این شرایط تا سال 1986 ادامه داشت و سرانجام آنا اجازه پروازهای چارتر بین المللی را دریافت کرد. نخستین پرواز بین المللی این شرکت در بیست و یکم فوریه 1971 از توکیو به هنگ کنگ انجام شد.
آنا نخستین هواپیمای پهن پیکر خود که شامل شش فروند لاکهید L-1011 می شد را در نوامبر 1971 خریداری کرد. این ایرلاین سفارش خرید مک دانل داگلاس DC-10 را ارائه کرده بود که در لحظات آخر آن را کنسل کرده و هواپیماهای لاکهید را خریداری داد. مدتی بعد مشخص شد که "کاکوئی تاناکا"، نخست وزیر ژاپن، به صورت غیر مستقیم از لاکهید برای این تغییر رشوه دریافت کرده است. این مساله به بازداشت تاناکا، چندین مدیر آنا و نماینده فروش لاکهید به واسطه فساد منجر شد. در سال 1976، هواپیماهای بوئینگ 747-200 در مسیرهای توکیو - فوکوئوکا و توکیو - ساپورو و در سال 1983، هواپیماهای بوئینگ 767 در مسیرهای شیکوکو به کار گرفته شدند.
در سال 1986، آنا با عبور از مرزهای ژاپن از یک ایرلاین مطرح داخلی به رقیبی بین المللی مبدل شد. در سوم مارس 1986، آنا پروازهای منظم از توکیو به گوام را آغاز کرد. در پایان همان سال پرواز به لس آنجلس و واشنگتن در شبکه پروازی این شرکت قرار گرفت. آنا به تدریج خدمات پروازی بین المللی خود را گسترش داد: در سال 1987، پکن، دالیان، هنگ کنگ و سیدنی؛ در سال 1988، سئول؛ در سال 1989، لندن و سایپان؛ در سال 1990 پاریس و در سال 1991، نیویورک. در اوایل دهه 90، هواپیماهای ایرباس A320 و A321 و بوئینگ 747-481 به ناوگان هوایی آنا افزوده شدند. در اکتبر 1999، آنا به اتحاد "استار الاینس" پیوست.
در سال 2004، آنا برای نخستین بار شاهد پیشی گرفتن میزان سود خود از شرکت ژاپن ایرلاینز بود. در همان سال آنا شرکت تابعه کم هزینه ایر نکست را برای ارائه خدمات پروازی از فرودگاه فوکوئوکا تاسیس کرد و به سهامدار عمده در ناکانیهون ایرلاین (نال) که دفتر مرکزی آن در فرودگاه ناگویا قرار داشت، مبدل شد. در سال 2005، نال به ایر سنترال تغییر نام داده و دفتر مرکزی آن به فرودگاه بین المللی چوبو سنترایر منتقل شد. آنا در سال 2007 از سوی "ایر ترانسپورت ورلد" عنوان ایرلاین سال را از آن خود کرد. در ژوییه 2011، آنا و ایرآسیا موافقت خود را برای راه اندازی ایرلاین کم هزینه ایرآسیا ژاپن در فرودگاه بین المللی ناریتا توکیو اعلام کردند.