اواخر دهه 1990، آغاز مواجهه سوئیس ایر با مشکلات بود. در سال 1998، یکی از هواپیماهای این شرکت در پرواز از نیویورک سیتی به ژنو، سوئیس دچار آتش سوزی شده و در ساحل نوا اسکوشیا کانادا سقوط کرد که به مرگ تمامی 229 مسافر و خدمه پرواز این هواپیما منجر شد.
(118سفر)- سوئیس اینترنشنال ایرلاینز (سوئیس) در سال 2002 و پس از ورشکستگی شرکت سوئیس ایر ترانسپورت (سوئیس ایر) شکل گرفت. این شرکت هواپیمایی خدمات پروازی به شهرهای مختلف در اروپا، آسیا، آفریقا، خاورمیانه و آمریکای شمالی و لاتین را ارائه می کند. سوئیس ایر در بیست و ششم مارس 1931 و از ادغام شرکت های Basler Luftverkehr (تاسیس در سال 1925) و اَد آسترا آئرو (تاسیس در سال 1919) شکل گرفت.
مالکیت سوئیس ایر در اختیار دولت های ملی و استانی سوئیس (24 درصد) و سرمایه گذاران بخش خصوصی (76 درصد) بود. این شرکت مسیرهای پروازی در کشور سوئیس و از سوئیس تا شهرهای آلمان و لیون فرانسه را از شرکت های ادغام شده پیشین به ارث برد. در سال 1932، سوئیس ایر با در اختیار گرفتن هواپیمای یک باله لاکهید اوریون سریعترین خدمات اکسپرس بین زوریخ،سوئیس، مونیخ، آلمان و وین، اتریش را ارائه کرد.
با این وجود، سرویس های برنامه ریزی شده این شرکت طی جنگ جهانی دوم به حالت تعلیق درآمدند. سوئیس ایر فعالیت منظم پروازهای خود را در سال 1946 از سر گرفت و در سال 1949، خدمات پروازی بر فراز اقیانوس اطلس بین سوئیس و نیویورک سیتی در آمریکا را ارائه کرد. در دهه 1950، مسیرهای پروازی به آمریکای جنوبی و شرق آسیا به برنامه پروازی این شرکت افزوده شده و در سال 1961 پرواز به توکیو در ژاپن آغاز شد.
پس از آن، سوئیس ایر مقاصد جدیدی در آفریقا و خاورمیانه را به مسیرهای پروازی خود اضافه کرد. در سال 1981، شرکت هلدینگ سوئیس ایر پارتیسیپیشن اس ای شکل گرفت تا مدیریت شرکت های تابعه غیر پروازی از جمله هتل، رستوران، پذیرایی ایرلاین، املاک و مستغلات، آژانس مسافرتی و عملیات های حمل و نقل را بر عهده بگیرد.
اواخر دهه 1990، آغاز مواجهه سوئیس ایر با مشکلات بود. در سال 1998، یکی از هواپیماهای این شرکت در پرواز از نیویورک سیتی به ژنو، سوئیس دچار آتش سوزی شده و در ساحل نوا اسکوشیا کانادا سقوط کرد که به مرگ تمامی 229 مسافر و خدمه پرواز این هواپیما منجر شد. اگرچه ماموران تحقیق در تایید دلیل اصلی این سانحه مرگبار ناکام ماندند، اما به بروز اشکال در سیم کشی هواپیما مشکوک بودند.
توسعه سریع و چشمگیر سوئیس ایر در دهه 1990 که بخشی از آن به واسطه سرمایه گذاری در ایرلاین های دیگر حاصل شده بود به بروز مشکلات و بحران های مالی برای این شرکت منجر شد که با کاهش سفر پس از حمله یازدهم سپتامبر سال 2001، شرایط وخیم تری به خود گرفت. در اواخر سال 2001، سوئیس ایر اعلام ورشکستگی کرد و در سی و یکم مارس 2002 نیز فعالیت های خود را به طور کامل متوقف کرد.
کراس ایر و دیگر بخش های این شرکت با سازماندهی مجدد شرکت سویس اینترنشنال ایرلاینز که به نام سوئیس شناخته می شود را شکل دادند. این ایرلاین در سال 2005 به بخشی از گروه لوفت هانزا مبدل شد.