در سال 1965، به واسطه جدایی سنگاپور از مالزی، مالزین ایرلاینز لیمیتد به شرکتی دو ملیتی تبدیل شده و مالزیا-سنگاپور ایرلاینز نام گرفت. لوگو جدید این شرکت معرفی شده و گسترش فعالیت های آن با ارائه خدمات پروازی به پرت، تایپه، رم و لندن ادامه یافت.
(118سفر)- مالزیا ایرلاینز، ایرلاین پرچمدار مالزی محسوب می شود. این ایرلاین از هاب اصلی خود یعنی فرودگاه بین المللی کوالالامپور و هاب های ثانویه در کوتا کینابالو و کوچینگ به ارائه خدمات پروازی مشغول است. دفتر مرکزی مالزیا ایرلاینز در فرودگاه سلطان عبد العزیز شاه در سوبانگ، سلانگور قرار دارد.
مالزیا ایرلاینز بیش از 20 شرکت تابعه داشته که مالکیت 13 مورد به طور کامل در اختیار این شرکت قرار دارد. فایر فلای و ماس وینگز دو ایرلاین تابعه مالزیا ایرلاینز هستند که به ارائه خدمات پروازی منطقه ای می پردازند. همچنین، مالزیا ایرلاینز دارای ناوگان هوایی باری بوده که تحت نام ماس کارگو فعال بوده و ماس چارتر از دیگر شرکت های تابعه آن است.
مالزیا ایرلاینز به جنوب شرق آسیا، شرق آسیا، جنوب آسیا، خاورمیانه و در "مسیر کانگورو" بین اروپا و استرالیا خدمات پروازی ارائه می کند. افزون بر این، خدمات پروازی بر فراز اقیانوس آرام از کوالالامپور به لس آنجلس از طریق توکیو انجام می شود (از سی ام آوریل 2014 متوقف می شود).
داستان شکل گیری مالزیا ایرلاینز در عصر طلایی مسافرت هوایی تجاری آغاز شد. طرح مشترک شرکت اُشن استیم شیپ لیورپول، استرایتس استیم شیپ سنگاپور و امپریال ایرویز به ارائه پیشنهادی برای خدمات هوایی بین پنانگ و سنگاپور منجر شد. نتیجه این طرح شکل گیری شرکت مالایا ایرویز لیمیتد در دوازدهم اکتبر 1937 بود.
در دوم آوریل 1947، مالای ایرویز لیمیتد نخستین پرواز تجاری خود را به عنوان یک ایرلاین ملی انجام داد. با توجه به حضور تیمی جوان و پویا، طی کمتر از یک دهه این ایرلاین داخلی به شرکت هواپیمایی بین المللی مبدل شد. با شکل گیری مالزی در سال 1963، مالایا ایرویز لیمیتد به مالزین ایرلاینز لیمیتد تغییر نام داد. اندکی بعد، بورنئو ایرویز در این شرکت ادغام شد. طی یک بازه زمانی 20 ساله، مالزین ایرلاینز لیمیتد از شرکتی با مالکیت یک فروند هواپیما به ایرلاینی با 2 هزار و 400 نفر کارمند و مالکیت چندین فروند هواپیما تبدیل شد.
در سال 1965، به واسطه جدایی سنگاپور از مالزی، مالزین ایرلاینز لیمیتد به شرکتی دو ملیتی تبدیل شده و مالزیا-سنگاپور ایرلاینز نام گرفت. لوگو جدید این شرکت معرفی شده و گسترش فعالیت های آن با ارائه خدمات پروازی به پرت، تایپه، رم و لندن ادامه یافت.
با این وجود، در سال 1972، شرکای این ایرلاین مسیر جداگانه ای را در پیش گرفتند. مالزی، شرکت مالزین ایرلاین لیمیتد را معرفی کرد که بعدا به مالزین ایرلاین سیستم تغییر نام داده و در اول اکتبر 1972 نخستین پرواز خود را انجام داد. پس از آن، نام این ایرلاین به مالزیا ایرلاینز تغییر کرده و به عنوان ایرلاین پرچمدار مالزی فعالیت های خود را ادامه داد.
یکی از نقاط عطف تاریخ مالزیا ایرلاینز در سال 2012 و با دریافت نخستین هواپیمای ایرباس A380-800 خود رخ داد که با راه اندازی برنامه پروازی منظم A380 بین فرودگاه بین المللی کوالالامپور و فرودگاه هیترو لندن دنبال شد. در اول فوریه 2013، مالزیا ایرلاینز به یکی از اعضای کامل "وان ورلد الاینس" مبدل شد و در حال حاضر به 850 مقصد در 150 کشور جهان از طریق شبکه وان ورلد الاینس متصل است.
دو سانحه مرگبار قابل توجه برای مالزیا ایرلانیز رخ داده است. سقوط یک فروند بوئینگ 737-200 ربوده شده در دسامبر 1977 در تانجونگ کوپانگ که به مرگ 100 نفر منجر شد یکی از آنها بوده و دیگری سقوط یک فروند فوکر 50 در سپتامبر 1995 است که به مرگ 34 نفر را موجب شد.